การตรวจเงินแผ่นดินในจังหวัดสงขลา มีมาอย่างยาวนาน ซึ่งเดิมจะเป็นขอบเขตอำนาจหน้าที่รับผิดชอบของส่วนภูมิภาคมาโดยตลอด จนกระทั่ง ปี พ.ศ. 2555 ได้มีการจัดตั้งสำนักตรวจเงินแผ่นดินจังหวัด ใน 76 จังหวัด (ยกเว้นกรุงเทพฯ) จึงมีสำนักตรวจเงินแผ่นดินจังหวัดสงขลา ตั้งแต่นั้นมาจนถึงปัจจุบัน